平行世界線（少女與機器人）
平行世界線的故事幾乎都出現在每集的開頭，沒有太多劇情進展，就是一位少女製造出一位有意識的機器人，兩人一起生活，最後想離開這個沒有希望的世界的故事。或許一開始看會覺得不知所以然，但你會很意外地發現這故事跟主線有關。渚和朋也都對這故事有印象，卻找不到任何資料。更奇特的是，渚過世後這故事還在持續著，而且大雪的場景也與朋也帶著汐去旅行極度類似，少女與機器人在比喻誰，答案呼之欲出。
「再見了，爸爸」少女對機器人說道。
從這我們知道少女就是汐，而機器人是朋也，再從少女的話中可以得知這世界是由汐的意識創造的，而朋也的意識會在真實世界跟平行世界同時存在。因為本身設定就是虛幻的，所以解釋會有很多種，我自己的理解是這樣：
1. 機器人（朋也）一開始就反覆說少女的世界不會有東西誕生，毫無希望，是因為這平行世界就是朋也失去渚後，與汐一同生活的世界，而機器人說另一個熱鬧的世界，就是他在學校與渚一同生活的那段歡樂時光。
2. 渚會知道這個故事，是因為這平行世界還有一個小鎮光之玉的設定。平行世界裡說到光之玉就是小鎮居民期望、願望的產物，會傳達到平行世界。渚小時候有經過一次瀕死體驗，而她正是被光之玉匯集而成的奇蹟給救回來的，所以她才會知道這故事，也因為這樣她的身體狀況跟小鎮的變化息息相關。
3. 少女越來越虛弱，最後在大雪中倒下，象徵汐的身體狀況，也表示這平行世界即將走向終點，而汐關閉這平行世界（與朋也經歷的現實世界越來越像），為的是終結這兩個世界的悲慘結局，再運用一次光之玉的奇蹟扭轉過去。
4. 一切故事的開始點是朋也主動向渚搭話的櫻花坡道上，所以回到的時間點就是這裡。這時的朋也如果選擇不理會渚，那便會產生不一樣的故事（即智代線或杏線）；再跟渚認識就是再賭一次生下汐的風險。當然，也可以解釋成這是一種對朋也的試煉，如果他有如此大的決心與對渚的愛，那光之玉的奇蹟便會出現，而朋也通過試煉，所以渚跟汐都是健康地生活下去（沒有宿疾）。
現在回想起來這故事線非常有感染力，玩遊戲時常常會碰到這時候要說什麼話的設定，而根據對話會影響後面結局走向，這類遊戲比比皆是，而動畫版的CLANNAD用這設定當作故事主軸：再一次的選擇機會，你會不會後悔遇見她？再一次的搭話機會，即便結局可能是悲慘的，你仍會想跟她相處、結婚、生活嗎？再配上渚一開始就說的台詞：「所有事情都不斷變化著，不管是開心的事情也好，愉快的事情也好，這一切都將不斷變化著，即使這樣你還會喜歡上這裡嗎？」，衝擊感十足。朋也回頭抱住渚，而渚說道「我還有點擔心你會不會後悔我們相遇……這一生能遇見你，我覺得很幸福」，更是CLANNAD的名場面。
而且我還發現一個埋的很深的點，那就是渚想演的戲劇（即少女與機器人的平行世界），在動畫中是沒有給觀眾看最後結局的，然而從朋也後面對渚說的：「為何後面要唱團子大家族？原先悲傷的劇情變得有點微妙」可以知道渚應該是完全記得這故事的後續的，因為汐在結束平行世界前，對機器人唱的歌正是團子大家族……
總結來說，這動畫大方向看我認為是完美的。畢業工作養家的現實與角色的蛻變、家族的溫暖以及平行世界的設定帶出再做一次選擇的主題，實在無可挑剔，也因為很少有動畫把這些描繪地如此寫實，CLANNAD的確有讓人回顧一生的感覺。然而，因為部分邏輯不通的支線故事，以及讓人有點反感的角色設定、對話與劇情設計，我很難說這是一部精細的作品，整部看完我無法讓自己只稱讚好的一面而忽略它的瑕疵。